Application settings best practices або Де зберігати налаштування вашої програми.

Швидкий огляд інтернету підтвердив мої підозри на те що для збереження налаштувань найкраще використовувати спеціальний клас що зможе зберігати, відображати, міняти та повідомляти про зміни налаштувань.
У .net є такий клас.
Для GTK є GConf.